穆薩·阿爾斯蘭汗在實現喀喇汗王朝的伊斯蘭化，鞏固了自己的統(tǒng)治地位后，開始了對外擴張。當時，薩曼王朝由于不斷的內訌而勢力大減，而且八拉沙袞的副汗蘇來曼足以牽制這個老對手，薩曼王朝已難以構成對自己的威脅。另外薩曼王朝是一個伊斯蘭教政權，這就失去了“圣戰(zhàn)”的口實，難以激起穆斯林士兵的宗教狂熱，不利于戰(zhàn)勝對手。穆薩·阿爾斯蘭汗決定選擇于闐佛教王國為征服目標。于闐當時執(zhí)政的是李氏家族，該家族長期統(tǒng)治于闐，世代篤信佛教，對喀喇汗王朝強迫佛教徒改宗伊斯蘭教的做法非常不滿，當喀什噶爾的佛教徒發(fā)動反抗強制改宗的暴動時，于闐給予了支持。這就給喀喇汗王朝提供了“圣戰(zhàn)”的口實。

上世紀初在敦煌發(fā)現了一件和闐文書《于闐王尉遲蘇拉于沙州大王曹元忠書》。這是于闐王尉遲蘇拉在占領喀什噶爾后，向沙州大王、歸義軍節(jié)度使曹元忠報告攻占喀什噶爾的戰(zhàn)爭經過和今后打算的一封書信。從信尾署年推斷，喀喇汗王朝與于闐李氏王朝這次宗教戰(zhàn)爭的爆發(fā)時間最遲不晚于公元962年，也就是穆薩·阿爾斯蘭汗宣布伊斯蘭教為國教的兩年后。戰(zhàn)爭初期，于闐由于得到信仰佛教的高昌回鶻和吐蕃的支持，占據了優(yōu)勢。經過八年的戰(zhàn)爭，于闐軍隊占領了喀什噶爾，當地居民望風歸順，穆薩·阿爾斯蘭汗戰(zhàn)敗后逃往中亞，他的“寶物、妻子、大象、良馬及其他，還有他部下的財物”，都成了于闐軍隊的戰(zhàn)利品。于闐在占領喀什噶爾后，一邊安撫百姓，樹立傀儡政權，一邊遣使分頭向宋朝和沙州曹元忠報告獲勝消息和今后打算，并送上所繳獲的部分戰(zhàn)利品。派往宋朝的使者是一位名叫吉祥的佛教僧侶，送給宋朝的貢品就是從喀什噶爾繳獲的一頭會跳舞的大象?！端问贰酚涊d：開寶四年(公元971年)，“其國(于闐)僧吉祥以其國王書來上，自言破疏勒國得舞象一，欲以為貢，詔許之”。于闐所以要向宋朝報告戰(zhàn)況并進貢大象，一方面是地方政權向中央政府應有的例行公事，另一方面是對宋朝在戰(zhàn)爭期間給予于闐的道義上的支持表示感謝。

喀什噶爾之戰(zhàn)后的20多年里，-戰(zhàn)爭進入了拉鋸狀態(tài)。雙方之間互有攻守，小規(guī)模戰(zhàn)斗時有發(fā)生。在此期間，喀喇汗王朝奪回了喀什噶爾，穆薩·阿爾斯蘭汗去世。公元998年，一支3萬人的于闐軍隊再次挺進到喀什噶爾城下，并對這座城市進行了長期圍困。當時喀喇汗王朝的大汗是穆薩之子阿里·阿爾斯蘭汗。長期圍困造成城內發(fā)生饑荒，民心浮動。阿里·阿爾斯蘭汗只得出城背水一戰(zhàn)，結果于闐軍隊戰(zhàn)敗，撤退到兩國邊界的英吉沙一帶。阿里·阿爾斯蘭汗隨后率軍跟蹤追擊，雙方在這里形成對峙的態(tài)勢。伊斯蘭教教歷388年(公元998年)1月末，兩軍在烏達卡拉展開激戰(zhàn)，于闐軍隊乘喀喇汗王朝軍隊禮拜之機突然發(fā)起進攻，喀喇汗王朝軍隊大敗，大批將士戰(zhàn)死，阿里·阿爾斯蘭汗也在激戰(zhàn)中陣亡。后來穆斯林群眾在他陣亡的地方為他建造了陵墓；這座以奧當麻扎著稱的陵墓至今尚存。

阿里·阿爾斯蘭汗死后，長子阿赫馬德·托干汗繼位。阿赫馬德·托干汗執(zhí)政后，繼續(xù)同于闐作戰(zhàn)。不久，喀什噶爾發(fā)生了反對伊斯蘭教的暴動，于闐乘機出兵，一舉占領喀什噶爾。阿赫馬德·托干汗不得不派其堂兄弟玉素甫·卡迪爾汗前往中亞，向副汗求援。副汗派出了一支由四位伊瑪目率領的四萬人的軍隊，隨玉素甫·卡迪爾汗火速趕往喀什噶爾。由于這支生力軍的參戰(zhàn)，喀喇汗王朝士氣大振，戰(zhàn)局急轉直下。早已疲于戰(zhàn)爭的于闐軍隊漸漸不支，開始潰退，喀喇汗王朝收復了喀什噶爾。玉素甫·卡迪爾汗進入喀什噶爾后，征集了兩萬名穆斯林士兵，連同原來的軍隊，號稱14萬大軍。喀喇汗王朝的軍隊經過準備開始向和闐進發(fā)。在葉城的庫姆熱瓦特兩軍展開了激戰(zhàn)，從中亞來的四位伊瑪目之一的穆依丁陣亡，喀喇汗王朝在付出了沉重的代價后，打敗了于闐軍隊。1006年喀喇汗王朝終于攻占和闐城，滅亡于闐李氏王朝。

和闐城陷落后，一支逃到位于波婁之路的山上的于闐軍隊被追兵消滅。另一支退往東部山區(qū)；同當地居民一起，繼續(xù)同喀喇汗王朝軍隊戰(zhàn)斗。他們利用伊斯蘭占領者不熟悉地形的有利條件，不斷出擊；進行了頑強的抵抗。在策勒波斯坦的一次戰(zhàn)斗中，四位伊瑪目中所剩的三位伊瑪目全部被反抗的佛教徒打死，當地至今仍存有名為“四伊瑪目麻扎”的墳墓。于闐佛教徒的反抗大約持續(xù)了半個多世紀才逐漸停息下來。所以，于闐民間至今還有于闐和喀喇汗王朝“百年戰(zhàn)爭”之說。

伊斯蘭教憑借武力，即以“圣戰(zhàn)”的方式傳播到于闐地區(qū)；結束了佛教在這里千余年的統(tǒng)治。這是伊斯蘭教傳人新疆后，對佛教的一次沉重的武力打擊。從此，佛教勢力基本上退出了塔里木盆地西部和南部地區(qū)，這個傳統(tǒng)的佛教地區(qū)成為伊斯蘭教地區(qū)和伊斯蘭教繼續(xù)向新疆其他地區(qū)傳播的重要基地。

喀喇汗王朝和于闐佛教王國的這場曠日持久的宗教戰(zhàn)爭，時間之長在世界歷史上是罕見的。在近一個世紀的時間里，塔里木盆地西部至南部地區(qū)成為刀光劍影、硝煙彌漫的戰(zhàn)場。長期的戰(zhàn)爭給南疆地區(qū)的社會經濟造成了空前嚴重的破壞，給廣大勞動人民帶來了沉重的災難。千百萬人或家破人亡，或流離失所，人口銳減，田園荒蕪，嚴重阻滯了南疆社會的發(fā)展。