隨著回回人東來(lái)數(shù)量的不斷增加，伊斯蘭教已經(jīng)廣泛深入地傳播到內(nèi)地，唐宋（618—1279年）時(shí)的蕃坊制度已遠(yuǎn)不能滿足元朝（1206—1368年）管理宗教民族事務(wù)的需要。于是元朝在中央和地方政府中設(shè)立管理機(jī)構(gòu)“回回掌教哈的所”，專門負(fù)責(zé)管理回回民族內(nèi)部事務(wù)和宗教事務(wù)。凡回回人較多的地方，設(shè)立“回回掌教哈的所”和“哈的”，管理穆斯林的宗教事務(wù)、刑名、詞訟諸事等。

　　“哈的”一詞系出自阿拉伯語(yǔ)，今譯作“卡迪”，意為“教法執(zhí)行官”，簡(jiǎn)稱“教法官”，主要職責(zé)是依據(jù)伊斯蘭教法，對(duì)穆斯林之間的民事、商事、刑事等各類訴訟進(jìn)行審判。在元中葉以前，“哈的”是伊斯蘭教中的高級(jí)教職人員，他既是宣教師、穆斯林宗教領(lǐng)袖，同時(shí)也是司法和執(zhí)法官員，穆斯林的長(zhǎng)官。他的宗教和社會(huì)地位都很高，故朝廷也尊稱其為大師。

鎮(zhèn)江清真古寺外景

　　元時(shí)，“回回掌教哈的所”由若干“哈的大師”組成，其負(fù)責(zé)人稱作“回回掌教哈的”，其主要職責(zé)是為朝廷的皇帝祈禱祝福；掌管教務(wù)并于會(huì)禮時(shí)講經(jīng)宣教；依照伊斯蘭教的教法教律，受理穆斯林之間的刑名、戶婚、錢糧、詞訟等，管理伊斯蘭教內(nèi)部事務(wù)。

　　哈的既是政府的官員，又是穆斯林的宗教領(lǐng)袖，在一定意義上說(shuō)，哈的制具有政教合一和一定自治的性質(zhì)。元朝在初置“回回掌教哈的所”時(shí)，曾頒降“敕書”予以批準(zhǔn)，并具體規(guī)定了包括司法權(quán)在內(nèi)的各種職權(quán)范圍，以便于統(tǒng)轄中國(guó)境內(nèi)的所有穆斯林。

　　元朝中后期（14世紀(jì)初中期），回回哈的所被最終廢止?？墒枪囊廊淮嬖?，但不再負(fù)責(zé)掌教念經(jīng)，為國(guó)祈福，而是繼續(xù)行使其司法職權(quán)，依照伊斯蘭教法解決穆斯林之間的訴訟問(wèn)題，以迄元亡。

　　“回回掌教哈的所”的設(shè)置對(duì)伊斯蘭教在中國(guó)進(jìn)一步深入系統(tǒng)地傳播，具有十分重要的意義。元代哈的為非穆斯林的蒙古帝王祈禱，并頌揚(yáng)其文治武功等德政的實(shí)踐活動(dòng)，也為明清之際回族學(xué)者“二元忠誠(chéng)”(即既忠于真主，又忠于當(dāng)朝最高統(tǒng)治者)思想理論的創(chuàng)立提供了重要的依據(jù)。

　　隨著穆斯林人數(shù)和清真寺數(shù)量的不斷增加，滿足廣大穆斯林宗教生活的需要成為現(xiàn)實(shí)問(wèn)題。于是，掌教制度開(kāi)始發(fā)生變化，并逐步形成為三掌教制度，亦稱“三道”掌教制。

鎮(zhèn)江清真古寺內(nèi)景

山東青州真教寺

　　“三道”掌教制是指由伊瑪目、海推布、穆安津等三種教職人員共同掌教的一種制度。“三道”掌教制在明代完全確立，這是中國(guó)伊斯蘭教的一種創(chuàng)制，在一般伊斯蘭國(guó)家和地區(qū)尚屬少見(jiàn)，這也正是伊斯蘭教中國(guó)歷史環(huán)境中發(fā)展演變的產(chǎn)物。

　　元代中后期，“回回掌教哈的所”被取消，代之而來(lái)的是“教坊制”。所謂“教坊制”，實(shí)際上是一種特殊的組織形式，且不具有官方的政權(quán)色彩，即不是一級(jí)行政機(jī)構(gòu)，與朝廷的地方機(jī)構(gòu)無(wú)隸屬關(guān)系，而是一種王權(quán)體制下的穆斯林從事共同的宗教活動(dòng)的一種宗教組織形式。其基本特點(diǎn)有：(1)各教坊相對(duì)獨(dú)立，教坊間沒(méi)有隸屬關(guān)系；(2)單一和互不結(jié)合性；(3)以一個(gè)清真寺為核心，形成融宗教、政治、經(jīng)濟(jì)、文化、民事處理、社會(huì)活動(dòng)等為一體的教坊組織；(4)教務(wù)與寺務(wù)既分離又聯(lián)系。

　　這種組織形式起初形成于城市，隨著元朝“寓兵于農(nóng)”政策的實(shí)行，在廣大的農(nóng)村中也逐步形成了“教坊”。清真寺是教坊組織的核心，是形成教坊制度的基礎(chǔ)。

　　元時(shí)，清真寺在中國(guó)各地回回人聚居的地方普遍建立，它標(biāo)志著伊斯蘭教在中國(guó)成功地扎下了根。清真寺作為宗教活動(dòng)的場(chǎng)所，起到了強(qiáng)化穆斯林宗教信仰和教育穆斯林自覺(jué)履行宗教義務(wù)、完成宗教功課的重要作用。從某種意義上講，它掌管著穆斯林的精神世界。元代，中國(guó)的穆斯林禮拜場(chǎng)所的名稱尚未固定化，多稱作“禮拜寺”、“回回寺”或“回回堂”、“真教寺”、“清凈寺”等。其功能與唐宋時(shí)期相比，也日趨多樣化：它既是穆斯林誦經(jīng)禮拜的場(chǎng)所，也是宣講教義和宗教常識(shí)的講壇；既是掌教等宗教首領(lǐng)處理坊內(nèi)事務(wù)的辦公場(chǎng)所，也是紀(jì)念亡故先賢的會(huì)場(chǎng)和為穆斯林辦實(shí)事的服務(wù)場(chǎng)所。后來(lái)還成為經(jīng)堂教育的中心。特別是隨著教坊組織制度的不斷發(fā)展和完善，以教坊為單位的經(jīng)濟(jì)與公益福利事業(yè)及義學(xué)等也相繼發(fā)展起來(lái)，成為穆斯林社會(huì)生活的重要場(chǎng)所。整個(gè)元代至明初（13世紀(jì)—14世紀(jì)中期），新建和重建的清真寺不計(jì)其數(shù)，但由于戰(zhàn)爭(zhēng)和自然災(zāi)害等原因，許多已無(wú)法考證。但就現(xiàn)存的來(lái)說(shuō)，有杭州的真教寺即鳳凰寺、上海松江清真寺、昆明南城清真寺和永年寺、福州清真寺、山東青州真教寺、西安化覺(jué)寺、南京凈覺(jué)寺、濟(jì)南清真南大寺、北京牛街禮拜寺和東四清真寺等。